- يشرف على دار مصحف إفريقيا مجلس أمناء مكون من (60) عضواً من داخل وخارج السودان ، ممثلين لمنظمات وهيئات ومؤسسات ذات صلة بشؤون القرآن والدعوة الإسلامية، وأفراد من ذوي الكفاءة والاهتمام بشؤون القرآن الكريم .
- من داخل السودان 40 عضواً
- من خارج السودان 20 عضواً
- يليه مجلس الإدارة مكون من 15 عضواً وتقع علي المجلس مسئولية الإشراف والمتابعة مع الجهاز التنفيذي للدار ويتكون المجلس من:-
- من السودان 8 أعضاء
- من خارج السودان 7 أعضاء
الإدارة التنفيذية للدار هي المسؤولة عن تخطيط وتنفيذ السياسات وإنزالها إلى أرض الواقع